Die Kirche fiel, wie das Kloster, immer wieder der Zerstörung zum Opfer, Schließlich wurde sie nach den ursprünglichen Plänen des 17./18. Jh. wieder aufgebaut. Von dem vorangegangenen Baumaterial, wie dem Marmor, ist vieles wiederbenutzt worden, um die Böden neu anzulegen, die Wände zu vertäfeln oder sie mit Einlegearbeiten zu versehen. Hingegen ist die ursprüngliche Ausschmückung durch Gemälde, seien es Fresken oder Leinwandgemälde, die sich an den Gewölben oder Wänden befanden, für immer verloren gegangen. Auf der Rückseite des Altars befindet sich das Grab des Heiligen Benedikt.