Viele denken, dass Japanisch und Chinesisch verwandte Sprachen sind, dies ist jedoch nicht der Fall. Auch mit der Sprache der Ureinwohner der japanische Inseln, den Ainu, weist die Sprache keinerlei Ähnlichkeiten auf. Überhaupt kann man sagen, dass die Herkunft der Sprache und der Menschen Japans noch heute ungeklärt ist. Es gibt jedoch einige Vermutungen, die aber leider noch nicht bewiesen wurden. So schließen Sprachwissenschaftler eine Verwandtschaft zum Koreanischen nicht aus. Kritiker argumentieren mit der engen Verbindung beider Länder und tippen bei den Übereinstimmungen nicht auf Verwandtschaft sondern auf Wortentlehnungen aus der jeweils anderen Sprache.

Eine weitere Theorie ordnet Japanisch der altaischen Sprachfamilie (Türkisch, Uzbekisch, Aserbaidschanisch, Mongolisch, Mandschurisch) zu. Hier fallen vor allem die strukturellen Ähnlichkeiten auf. Alle Sprachen dieser Sprachfamilie besitzen z. B. keine Artikel und keinen Genus.

Eine weitere Gruppe von Sprachforschern sieht in der japanischen Sprache eine Mischsprache aus altaischen und austronesischen (Indonesisch, Polynesisch) Elementen, wobei sich die grammatikalischen Strukturen der altaischen Ursprache und die lexikalischen Strukturen der austronesischen Ursprache durchgesetzt haben sollen