Von frühester Jugend an galt er als sicherer Rückhalt seiner Mannschaft. Sein Serie A-Debüt vollzog er im November 1995 im Alter von 17 Jahren für den AC Parma gegen den AC Mailand, wo er mit seiner Mannschaft ein respektables 0:0 erreichte. In der Folgezeit verdrängte er den bis dahin im Tor spielenden Luca Bucci und wurde Stammtorhüter.

Die Saison 2000/01 verbrachte Gianluigi Buffon weiterhin in Parma und schlug Millionenofferten europäischer Großklubs aus. Erst im Sommer 2001 wechselte er für 54.100.000 € zu Juventus Turin – bis heute der teuerste Transfer eines Torhüters in der Fußballgeschichte – wo er die Nachfolge des nicht überzeugenden Edwin van der Sar antreten sollte.

Mit Juventus gewann er in auf Anhieb die Meisterschaft und konnte diesen Titel in der Folgesaison 2002/03 sogar verteidigen. Außerdem erreichte er mit Juve 2003 das Championsleaguefinale, das man allerdings mit 2-3 nach Elfmeterschießen gegen den AC Mailand verlor. Auch in der Saison 2004/05 konnte Buffon mit Juventus wieder den Scudetto feiern, später wurde dieser jedoch wegen des Manipulationsskandals wieder aberkannt.

Am 14. August 2005 erlitt Gianluigi Buffon im Vorbereitungsspiel um die Trofeo Luigi Berlusconi beim AC Mailand bei einem Zusammenprall mit Kaká eine schwere Schulterverletzung und fiel mehrere Monate aus. In dieser Zeit vertrat ihn der leihweise von Milan gekommene Christian Abbiati im Tor von Juventus. Bereits Ende November konnte er sich wieder gesundmelden, trat jedoch vorerst noch etwas kürzer, da er merkte, daß die Verletzung noch nicht vollständig auskuriert war. Im Rückspiel des Champions League-Viertelfinales gegen Arsenal London bestritt Buffon sein 50. Europacupspiel für Juventus. Im Mai 2006 geriet er unter Verdacht, illegal auf Partien der Serie A gewettet zu haben. Später wurde Buffon jedoch von der Staatsanwaltschaft für unschuldig befunden und rehabilitiert.

Trotz des Zwangsabstieges von Juventus Turin zur Saison 2006/07 wegen der Verwicklung in den Manipulationsskandal 2005/06 in die Serie B, verließ Buffon, anders als viele Mitspieler, die Alte Dame nicht. Es schaffte, mit der von Didier Deschamps trainierten Mannschaft, den sofortigen Wiederaufstieg.

Am 7. Juni 2007 verlängerte er seinen Vertrag bei Juventus bis zum Jahr 2012 und beendete damit alle Wechselgerüchte um seine Person.