Die 2D-Metroid-Spiele sind Actionspiele, in die Elemente aus Jump’n Run- und Adventurespielen eingeflossen sind, während die dreidimensionalen Episoden zusätzlich noch einige Einflüsse von Ego-Shootern aufweisen. Das grundlegende Spielprinzip wird in allen Teilen der Saga beibehalten. Der Spieler schlüpft in die Rolle der Hauptdarstellerin Samus Aran und erforscht eine große, zusammenhängende Umgebung (Ausnahmen sind Metroid Prime Hunters und Metroid Prime 3: Corruption, bei denen verschiedene Planeten bereist werden können). Dabei müssen in der Regel Rätsel und Geschicklichkeitsaufgaben gelöst, Gegenstände gesammelt werden, die sich gegenseitig zum Spielfortschritt bedingen, sowie feindliche Lebensformen bekämpft werden. Bei jedem Metroid-Spiel erhält man, je nachdem wie viele Items man eingesammelt hat (dies wird in Prozent angegeben) eine Belohnung fürs Spielen.